在魔法科高校，天才学生被称为"劣等生"，主人公司波深秋是被认为没有魔法能力的普通学生。然而，他却拥有异常强大的技术能力和战斗技巧。在面对来自其他学校的威胁时，深秋揭露了背后阴谋，并与同学们一起抵抗邪恶势力。同时，他也逐渐发现自己身世的神秘之处。故事充满着魔法、友情和成长，让观众见证了一个不断探索自我的少年英雄。